Nahane et Ohanefu, de nouveaux ennemis apparaissent pour conquérir la Terre ! La clé de la survie humaine réside dans le Shinkalion ALFA-X, secrètement développé par l'organisation secrète S.U.E.I. (Shinkansen Ultra Evolution Institute). Pour Hayato et l'équipe Shinkalion, qui vivaient en paix, la bataille recommence.