Tokyo, début des années 1940. Tetsuko, alias " Totto-chan ", mène la vie dure à son institutrice... jusqu'à se faire renvoyer de son école primaire, peut de temps après y être entrée. Ses parents l'inscrivent alors à Tomoe, petite école éprise de liberté où de vieux wagons font office de salles de classe.
A Tomoe, l'expérience de la vie est aussi importante que les leçons. Et grâce à son directeur atypique, Totto-chan réapprend à respecter les autres et à se respecter elle-même. Elle prend goût à l'étude, assume ses échecs et gagne en autonomie ; écrit des haïkus et rêve de danser " Le lac des cygnes"... Mais elle comprend aussi ce qu'est le racisme, l'intolérance, et découvre la guerre.
En 1945, Tomoe est détruite par les bombardements. Mais, en quelques années seulement, cette école pas comme les autres aura déterminé la vie entière de Totto-Chan.