Yûki Manabu est un jeune pilote orphelin travaillant au sein de la Space Defense Force, une organisation chargée de la protection des chemins de fers intergalactiques basée sur la planète Destiny située au centre de l'univers. Le jeune garçon s'applique à suivre la voie tracée par son père et son frère, membres de la prestigieuse organisation. Alors que les "Galaxy Railways" s'apprêtent à traverser la plus grande crise de leur histoire, quelle sera la destinée de Yûki et le rôle joué par l'étrange mais néanmoins fascinante Layla Destiny Shura ?