Depuis qu'un Cyclone a altéré la planète en engloutissant plusieurs pays sur son page, la navigation est devenue dangereuse. Alors que les nations redoutent les pirates qui naviguent sur les flots, elles sont contraintes d'engager des escortes pour sécuriser leurs convois.

Hyousuke Nagimiya, un ingénieur, est envoyé sur un escorteur et se retrouve au milieu d'un équipage entièrement féminin, dirigé par le capitaine Misaki Nanaha.