Lorsqu'un poison mortel, le schiste bleu, tomba du ciel, l'humanité a fuit sous terre pour échapper à la catastrophe connue sous le nom des "Larmes de la Nouvelle Lune".

Cent ans plus tard, elle retourne à la surface pour démarrer une nouvelle ère. Sous la menace constante des Enders, les humains ont établi de nouvelles colonies, les "Nids" aux côtés d'IA humanoïdes appelées "Magus".

An 2242, Kanata rêve de devenir Drifter. Alors qu'il explore les ruines d'un musée avec un Drifter renommé, Tokio, il découvre une Magus appelée Noir qui a perdu tous ses souvenirs. Noir peine à effectuer les tâches du quotidien, mais excelle en combat, notamment contre les Enders. Kanata fait donc équipe avec elle et découvre ce qu'il faut vraiment pour devenir Drifter.