Quelques temps après que la bombe atomique soit tombée sur Hiroshima, un sous-marin japonais de conception révolutionnaire se heurte à navire de la flotte américaine. Les deux finissent leur combat en coulant dans les profondeurs de l'océan Pacifique...

Cinq décennies plus tard, alors qu'une troupe de l'ONU effectue des recherches en Antarctique, celle-ci est menacée par un mystérieux cylindre noir. Un sous-marin construit à partir de la structure d'un cuirassé Yamato est leur unique espoir.