Yoshika Miyafuji passe ses journées paisiblement après son retour dans sa ville natale. Mio Sakamoto et d'autres se sont arrangés pour que Yoshika étudie dans une école de médecine en Europe. Ainsi, Yoshika revient en Europe en compagnie de Shizuka Hattori, qui était l'élève de Sakamoto à l'académie navale.

Pendant ce temps, de nouveaux signes de Neuroi apparaissent et les autres anciens membres de la 501st Joint Fighter Wing, qui étaient dispersés à divers endroits, commencent à se rassembler.