Après un an passé en Amérique, Kurisu est de retour à Akihabara où elle retrouve Okabe. Malheureusement, peu de temps après leurs retrouvailles, ce dernier commence à voir des images des autres lignes d'univers avant de disparaitre. Tiraillée entre son âme de scientifique et ses sentiments, la jeune femme doit faire le choix.

Doit-elle remonter le temps ou tenter de le sauver, malgré les conséquences ?