En dépit de tous ses efforts, Rintarô Okabe n’est pas parvenu à sauver Kurisu de son funeste destin. De retour sur les bancs de l’université et entouré de ses amis, il tente de faire fi de la culpabilité qui le ronge en se rendant régulièrement dans une clinique psychiatrique, espérant ainsi panser ses blessures internes. Mais le projet « Amadeus », piloté par Maho Hiyajo et Alexis Leskinen, deux anciens collègues de la jeune femme, pourrait bien bouleverser à nouveau sa vie…