Sur une île en forme de croix, au sud du Japon, existe de mystérieuses ruines souterraines dans lesquelles se cachent de gigantesques robots humanoïdes nommé "Cybodies".

Dans l'ombre, un groupe une jeune fille du nom de Wako Agemaki qui serait la clé pour activer ces robots.

La lutte pour découvrir le secret des ruines débute.