Hibiki Yûta est élève de seconde au lycée Tsutsujidai. Victime d’amnésie, il rencontre l’« hyper agent Gridman », apparu à travers un vieil ordinateur. Après cette rencontre, le jeune homme part en quête de ses souvenirs perdus et de sa destinée avec l’aide de ses camarades de classe Utsumi Shô, Takarada Rikka et Shinjô Akane. Cependant, leur quotidien paisible est tout à coup ébranlé par l’attaque soudaine d’un monstre géant…