En exil sur le Galaxy Express 999, Maetel reçoit un message de sa mère l'invitant à revenir sur sa planète pour prendre sa succession. Mais Maetel ignore encore tout du terrible complot qui se trame et pour libérer son peuple de l’emprise du mal, la jeune femme n’a d’autre choix que de faire appel à sa sœur Emeraldas accompagnée de ses deux acolytes de toujours : Tochirô et le capitaine Albator...