Trois ans ont passé depuis les événements de Uchuu Senkan Yamato 2202. Afin de sauver la race des Garmillas, actuellement en voie de disparition, le chef suprême Dessler est à la recherche d’une nouvelle planète à la coloniser. Cependant, la planète qui semble répondre à ses exigences se trouve être au beau milieu du territoire d’une puissante nation interstellaire. Une guerre de territoire éclate dans la galaxie, et la Terre, qui avait jusqu’alors un traité de paix avec les Garmillas, se retrouve inévitablement impliquée. Susumu Kodai, le nouveau capitaine du Yamato, décide alors de partir s’entraîner avec son équipage afin de se préparer à l’urgence à venir. Ce qu’il ne sait pas, c’est que quelqu’un parmi eux cherche à le tuer. Dans une période d’incertitude sans précédent, le Yamato s’engage dans un nouveau voyage !