Bienvenue à Shibusen, l'école des faucheurs d'âmes de Death City. Ici, point de cours de mathématiques, l'unique discipline enseignée est la maîtrise des armes démoniaques afin d'accéder au rang suprême de « Death Scythe ».

Seuls les Meisters ayant récolté 99 âmes et l'âme d'un sorcière pourront prétendre à ce titre. Sous l'encadrement du Dieu de la mort, les élèves de Shibusen doivent apprendre à maîtriser leurs armes... sauf que ces-dernières sont humaines et avec un caractère plutôt bien trempé : la douce Maka doit gérer sa faux infernale Soul Eater tandis que l'exubérant Black*Star fait équipe avec la timide Tsubaki. Leur point comun ? Leur retard accumulé dans la chasse aux âmes et pour ne pas se faire virer de l'école, tous les coups sont permis !