Isami Hanaoka est un élève de cinquième qui se trouve être un descendant du Shinsengumi, un clan très ancien de samouraïs. Un jour, elle apprend qu'elle partage ce même secret avec ses deux camarades de classe Soshi Yukimi et Toshi Tsukikage. Dans le sous-sol de sa maison, ils découvrent d'étranges artefacts laissés par leurs ancêtres ainsi qu'un message les invitant à combattre l'organisation maléfique Kurotengu.