Un sous marin japonais commandé par le capitaine Kaieda sombre après être rentré en collision avec un engin russe. Seul survivant, il est recueilli à bord du Seabat, un submersible nucléaire développé dans le plus grand secret par le Japon et les Etats-Unis. Mais Kaieda parvient à s'en emparer et s’enfuit avec son équipage. C’est alors qu’il annonce au monde que le sous-marin est désormais une nation indépendante, le Yamato, fort de son arsenal et de sa puissante technologie...