« UNKNOWN », un ennemi non identifié, a soudainement surgi de nulle part. Pour contrer la menace, l’organisation ERDA a conçu un robot capable de se transformer en train à grande vitesse : le SHINKALION. Taisei, un lycéen de deuxième année, est transféré dans l’établissement Shinkai afin d’y mener des recherches sur sa sœur, disparue mystérieusement il y a deux ans.

C’est dans ce contexte que UNKNOWN réapparaît pour la première fois depuis dix ans ! Taisei, considéré comme un pilote hors pair de SHINKALION, est ainsi propulsé sur le devant de la scène, contraint de se battre pour protéger les innocents. Parviendra-t-il à découvrir la véritable identité de ses ennemis et à comprendre leur objectif ?