Après le championnat des collèges qui a vu la victoire de la Tôhô et du Nankatsu SC, les meilleurs joueurs ont été sélectionnés pour l'équipe des moins de 16 ans pour participer à une Coupe du Monde junior. Elle se déroulera à Paris en France. Tsubasa et ses coéquipiers retrouveront avec joie Wakabayashi et Misaki et se frotteront aux meilleurs joueurs mondiaux de leur génération...

Shin Captain Tsubasa (New Captain Tsubasa) est la suite de Captain Tsubasa (Olive et Tom) datant de 1983.