Yûji Sakai est un lycéen sans histoires qui voit son quotidien bouleversé par un terrible événement : des monstres surgissent de nulle part et dévorent ses camarades de classe, qui sont inertes, tandis que ce dernier possède encore la capacité de se mouvoir. Il est sauvé, in extremis, par une jeune fille, une « Flame Haze » aux cheveux et yeux rubis, qui lui explique qu’il n’est désormais plus de ce monde et qu’il a été remplacé par une « torche », une âme temporaire de substitution. Afin de comprendre les circonstances de sa mort, le jeune lycéen décide de venir en aide à Shana dans sa lutte contre les Tomoraga no Guze qui drainent la force vitale des humains pour accroître leur puissance. Mais leur mission sera semée d’embûches et d’ennemis imprévisibles…

Le film de Shakugan no Shana reprend les premiers épisodes de la série.