Un virus mortel a tué la plupart des humains du Japon. Les enfants, eux, ont été asservis par les vampires, qui ont profité de l'occasion pour prendre le contrôle. Dans le souterrain de la ville vampirique de Sanguinem, Yûichirô et Mikaela Hyakuya sont deux jeunes esclaves chargés de donner leur sang aux aristocrates qui ont besoin de soulager leur soif. Mais Yûichirô ne l'entend pas de cette oreille et tente de s'échapper avec son frère adoptif et leurs amis. Mais les vampires les rattrapent et abattent tous leurs compagnons. Mikaela se sacrifie pour permettre à Yûichirô de s'échapper de la ville vampirique. Une fois à l'extérieur, le jeune garçon découvre un monde intact, et comprend que cette histoire d'épidémie n'était peut-être qu'un mensonge pour asservir les enfants. Il découvre également une résistance organisée contre les vampires qu'il décide de rejoindre pour délivrer les esclaves et venger la mort de Mikaela. Néanmoins, ce qu'il va découvrir sur l'origine de l'épidémie risque fort de lui déplaire.