Il y a 22 ans, une secousse gigantesque dévaste la préfecture de Kanagawa et la détache du reste du Japon, cette zone sera alors surnommée la “Terre Perdue”. On se rendit compte plus tard qu’une partie de la population née dans cette région développait la capacité particulière de pouvoir décomposer puis reconstituer la matière. Ce sont les utilisateurs d’Alter. Pour faire face à cette menace potentielle, la métropole a mis en place une force de police, le HOLD et en son sein l’unité spéciale HOLY, composée d’utilisateurs d’Alter dont le but est de traquer les renégats...

Seconde partie du film récapitulant la série s-CRY-ed. Il s'agit d'une version remastérisée comportant des scènes inédites.