Plusieurs mois se sont écoulés depuis que Lan et Muginami ont quitté la Terre. Maintenant dans sa dernière année de lycée, Madoka passe le plus clair de ses journées à penser à ses amis quand soudainement Lan retourne à Kamogawa City. Lan et Muginami, avec la puissance de leurs mechas, les Vox, tentent de persuader Dizelmine et Villagilio d'arrêter de se battre, afin d'empêcher qu'une apocalypse ne se produise.