Ayato Kamina est un jeune lycéen de 17 ans, passionné de peinture, aspirant à une vie paisible. Alors qu’il se rend en cours avec deux de ses camarades de classe, le métro qu’ils empruntent subit un terrible accident : ils découvrent avec effroi que Tokyo est sous le joug de mystérieux envahisseurs humanoïdes, les Muliens. Mais sa rencontre avec Haruka Shitô bouleverse le quotidien du jeune garçon qui se retrouve enrôlé dans les forces de Terra, une organisation devant assurer la survie de l’humanité. Luttant à bord du RahXephon, un Dolem capable de tenir tête à leurs ennemis, Ayato se retrouve convoité de toute part. Quel destin attend notre héros dans ce monde belliqueux ?