De l’eau a coulé sous les ponts depuis que Madoka est devenue une Puella Magi, détruisant de nombreux Nightmare, les incarnations des mauvais rêves des habitants de la Terre. Accompagnées de leurs adorables partenaires, Kyubey et Bebe, Sayaka, Homura, Mami, Kyôko et Madoka continuent leur combat et enchaînent les victoires et les jours heureux.

Mais une question tourmente  Homura : « Est-ce que tout a toujours été aussi simple ? » Peu à peu, cette dernière s’aperçoit que les événements qui ont lieux ne correspondent pas à ses souvenirs et que la ville toute entière est devenue une illusion gigantesque…