Janvier 2118. L’inspectrice en chef au Bureau de la Sécurité Publique, Akane Tsunemori découvre un rapport qui signale un incident survenu à bord d’un navire étranger.

Derrière cet événement se cache le groupe des Peace Breakers, une organisation qui s’oppose aux recherches menées par le Dr Stronskaya, plus connues sous le nom de "Document Stronskaya".

Face à cette situation, Akane se retrouve à travailler à nouveau avec Shin’ya Kôgami, un ancien membre du Bureau. Ensemble, ils se lancent dans une affaire d’une envergure bien plus grande qu’ils ne l’auraient imaginé.Les révélations potentielles pourraient ébranler le gouvernement japonais et remettre en question le fonctionnement du Système Sibyl.