Il existera toujours des personnes qui cherchent à capturer de rares Pokémon pour les emprisonner, et d'autres qui feront tout pour les protéger des forces du Mal. Ce fut le cas il y a quarante ans, lorsque Celebi fut pourchassé par un chasseur diabolique et qu'un jeune Dresseur nommé Sam vint à sa rescousse. Mais on perdit toute trace d'eux et leur mystérieuse disparition vint s'ajouter aux autres légendes étranges racontées par les habitants du coin.

Sacha et ses amis arrivent aujourd'hui dans la forêt, et ils ne tardent pas à découvrir la vérité sur Sam et Celebi : ils viennent de retrouver le garçon et son Pokémon ! Tous deux semblent se remettre de leur quarante années de calvaire, mais leurs soucis sont loin d'être terminés : Celebi est toujours pourchassé par des personnes voulant le capturer ! Cette fois, il est poursuivi par le Fantôme au masque d'acier, qui a mijoté un plan d'une cruauté sans égal. Il est équipé de Ténèbres Balls qui lui permettent de capturer des Pokémon pour les contrôler et les rendre maléfiques. Sacha, Sam, Ondine et Pierre arriveront-ils à vaincre le pouvoir d'un Celebi possédé et à l'aider à retrouver son état normal ?