Chaque année, la ville d'Alto Mare organise une course spéciale de Pokémon Eau à travers ses canaux, et cette fois-ci, Sacha et Ondine font partie des meilleurs concurrents ! Même s'il n'a pas remporté la course, Sacha a gagné le cœur d'une mystérieuse fille qu'il a sauvée des griffes de deux femmes démoniaques. Mais il ne s'agissait pas d'une fille ordinaire : c'était en réalité le légendaire Latias qui s'était déguisé !

Sacha a alors le privilège de découvrir le monde secret de Latios et Latias. Mais ce monde se retrouve vite menacé par les deux femmes rencontrées précédemment (Annie et Oakley), qui pourchassent les deux Pokémon légendaires et un joyau mystérieux appelé Rosée Âme. En combinant ces éléments, elles pourront prendre le contrôle d'une puissante machine qui est normalement censée protéger du danger. Mais un problème de fonctionnement dans la machine met Latios et Latias ainsi que la ville entière d'Alto Mare en péril !