Quand une mégalopole se trouve menacée, Sacha, Pikachu et leurs amis volent à son secours ! Un vaste habitat pour les Pokémon au sein d’une grande ville débordante d’activité semble être une destination de choix pour un groupe de cinq Genesect. Mais l’arrivée de ces Pokémon fabuleux pose rapidement problème, car leur nid menace l’alimentation en électricité de la ville, et ils attaquent quiconque s’en approche. Ils ont aussi attiré l’attention du Pokémon légendaire Mewtwo, qui s’identifie à eux parce que, comme eux, il est le fruit de manipulations humaines. Leur leader, un Genesect rouge, ne fait pas confiance à Mewtwo, et leur affrontement devient vite incontrôlable. Sacha et ses amis pourront-ils arrêter ces deux puissants Pokémon avant qu’ils ne détruisent la ville ?