Tout a commencé par le duel épique entre Dialga et Palkia, qui a menacé de créer un trou dans la structure spatio-temporelle. Ensuite Giratina, le seul défenseur du Monde Inversé, a dû prendre des mesures pour protéger l'équilibre précaire entre son univers et le monde Pokémon. Mais c'est désormais Michina qui se retrouve au cœur de l'action. La ville a une longue histoire, mais également un passé trouble vis-à-vis du puissant Arceus, le Pokémon fut trahi par les habitants alors qu'il leur avait offert une partie de son pouvoir dans le Joyau de Vie ! Accompagnés de leur nouvelle acolyte Sheena, Sacha et ses amis doivent voyager dans le temps avec l'aide de Dialga pour réparer les erreurs des ancêtres de la ville, avant que la rage d'Arceus ne détruise monde entier. Arriveront-ils à rectifier les erreurs du passé ? Que s'est-il réellement passé à cette époque lointaine ? Les ancêtres de Sheena ont-ils vraiment trahi Arceus ? Découvrez la fin époustouflante de la trilogie, où les secrets des deux films précédents vous seront révélés !