C'est par une belle nuit d'été que Kei Kusanagi, allongé dans l'herbe au bord d'un lac, va voir sa vie transformée alors qu'il aperçoit un vaisseau spatial duquel sort une femme entourée d'une étrange aura. Pris de panique il fuit, trébuche et finit par tomber dans l'eau. A son réveil tout cela ne semble qu'un mauvais rêve, puisqu'il est en classe, avec ses camarades qui attendent impatiemment l'arrivée de la nouvelle enseignante. Mais au moment où elle entre dans la salle, l'adolescent est frappé par la ressemblance avec la femme de son rêve.