Eiji Tomatsu est un élève en cinquième année qui, un jour, accompagné de son chien Pochirou, fait la découverte d'un livre mystérieux. Celui-ci contient un drôle de bouton et lorsque le jeune garçon appuie dessus, il se fait instantanément livrer un colis contenant le "Pikachin-Kit". Cependant, il n'a que 1% du kit total... Eiji Tomatsu va donc devoir trouver les pièces manquantes !