Dans la ville côtière d'Ayanagi, d'étranges incidents se succèdent : l'équipage d'un sous-marin est portée disparu, le syndrome d'apathie qui a frappé le Japon dix ans auparavant survient de nouveau, et le corps d'un élève est retrouvé. Derrière ces événements semble se trouver une organisation derrière laquelle courre Ryo Kanzato, le chef de police.

Shin, son frère cadet, et ses camarades vont se trouvés mêlés à ces évènements quand le jeune homme va invoquer sa Persona...