Alors que Yûki Makoto vient d'emménager dans le dortoir Iwatodai, au cœur de la ville portuaire de Port Island, il est alors le témoin d'un phénomène étrange. Capable de vivre la Dark Hour, une heure cachée à minuit, il rencontre les créatures hostiles qui sévissent durant ce laps de temps.

Dans son nouveau dortoir, les élèves connaissent également l'existence des monstres et peuvent invoquer leur Persona, une entité représentant leur inconscient.

S'engage alors une lutte entre ces quelques adolescents et les adversaires de l'humanité.