Trois ans après les événements tragiques liés au projet Babylone et à l'Arche, un Labor des Nations Unies est détruit durant une opération de maintien de la paix en Asie du Sud-Est. Cet incident va être le déclencheur d'un plan machiavélique visant à incriminer les forces d'autodéfense japonaises et créer au Japon une panique à échelle nationale. Les agents Gotô et Nagumo de l'unité spéciale 2 sont alors sollicités par un membre de la commission d'enquête spéciale de l'armée de Terre pour travailler sur l'affaire. Mais la situation va vite se corser lorsqu'ils apprennent que le cerveau de cette entreprise terroriste n'est autre que Yukihito Tsuge, l'ancien mentor et amant de Nagumo.