Le Royaume d’Alabasta est en proie à une terrible guerre civile, orchestrée dans l’ombre par le perfide Crocodile, l’un des sept Grands Corsaires. Afin de sauver son pays de la mainmise de ce dernier, Vivi Nefertari fait appel à l’équipage du Chapeau de paille pour lui venir en aide, mais une fois sur place, ceux-ci se retrouvent confrontés aux membres de l’organisation Baroque Works. Ce film retrace les événements de l'arc Alabasta en modifiant cependant quelques passages de ce dernier.