Dans le Japon Moderne, les humains consacrent des temples et prient pour les dieux, ici on suivra l'histoire de Yato, un dieu oublié de tous, tentant de se faire connaître en exauçant des voeux un peu partout contre une maigre somme de 5 yens. Un jour, il croisa Iki Hiyori, une collégienne qui le sauve en l'empêchant de se faire écraser par un bus.