En l'an 1600, le seigneur Tokugawa parvient à réunifier le Japon et instaure un système féodal. La religion chrétienne est interdite et ses fidèles traqués à travers tout le pays. Mais une prophétie raconte que l'enfant de Dieu viendra sauver son peuple, néanmoins si ce dernier est corrompu par les passions humaines, il rejoindra alors Satan. Le pire se produit. Shirô l'enfant de la prophétie, souillé par le sang des guerres de religions et trahi par son plus fidèle serviteur, s'égare dans la folie. Terrassé lors de la grande guerre par Jubei, le légendaire ninja, Shirô se réincarne alors en Satan et déferle sur le Japon sa vengeance impitoyable. Seul Jubei peut l'arrêter.