La famille Sanyo reçoit un jour une surprise de la plus haute importance : Hattori, un petit ninja tout droit venu des montagnes  va venir habiter dans leur maison et suivre des cours à l'école élémentaire ! Ce combattant de l'ombre, forcé de cacher sa véritable identité, va devoir vivre comme un citoyen ordinaire, même s'il est parfois menacé par les membres d'un clan rival au sien...