Rantarou, Shinbei et Kirimaru sont des apprentis ninja qui font leur formation à la Ninja Gakuen. Étant à leur premier grade, ils sont surnommés les "Nintama", contraction de "ninja" et "tama", qui signifie œuf. Hélas, leur formation est plus compliquée qu'elle n'y paraît, d'autant plus que les apprentis préfèrent largement s'amuser !