Après être revenus du monde magique, Negi et ses élèves sont de retour au Japon. Juste à temps pour la remise des diplômes qui aura lieu le lendemain.

De plus, le jeune magicien va devoir prendre une partenaire pour devenir Magi magister... Les 29 autres élèves auront la mémoire effacée et oublieront totalement l'existence de la magie. Toutes veulent alors s'emparer du cœur de Negi mais dès le soir venu, un danger apparaît...