Il y a quelques années, Maître Thousand, un des plus grands magiciens de cette époque, disparaissait après avoir lancé une malédiction à Evangeline, une puissante vampire. Le temps a passé et son fils, Negi Springfield, vient d'obtenir son diplôme de magie. Pour terminer son éducation, il est envoyé au Japon dans une école pour filles afin d’y être professeur. Toute la classe tombe vite sous le charme de ce garçon d’une dizaine d’années et, de fil en aiguille, les filles scellent toutes un pacte provisoire avec lui. Heureusement car Negi aura besoin de toute l’aide disponible pour faire face à la crise qui frappe le monde de la magie et l’école Mahora : le star cristal, un puissant artefact magique, est volé et le jeune magicien doit se battre pour protéger ses élèves prises pour cible...