La tension internationale est à son comble entre le village des Feuilles et ses voisins, qui ont perdu leurs ninjas aux pouvoirs héréditaires. Pour faire face à ce mystérieux ennemi et à la menace d’une invasion étrangère, Tsunade décrète la loi martiale et prépare ses forces à la bataille. Mais alors que Konoha est en grand danger, Kakashi déserte le village… Naruto et ses amis, qui ont gardé toute confiance en leur maître, sont bien décidés à braver les ordres pour le retrouver !