Le village caché de Konoha du Pays du Feu subit une soudaine attaque aérienne ! Le cauchemar des Grandes Guerres Ninjas ressuscite… En apprenant que leur village est menacé, Naruto et les ninjas de Konoha entrent en action ! Sasuke, qui a quitté Konoha pour se venger de son frère aîné Itachi, réapparaît. Cet ancien compagnon est-il finalement un allié ou un ennemi ? Les convictions et les « liens » de chaque ninja sont mis à l'épreuve…