Paris, 1889. L’Exposition universelle réunit de nombreux scientifiques émérites, dont Jean Rogue Lartigue, jeune garçon de 14 ans passionné de mécanique, venu présenter le prototype d’avion qu’il a mis au point. Son chemin croise celui de Nadia, une jeune acrobate dont il tombe immédiatement sous le charme, pourchassée par un trio de bandits convoitant la mystérieuse pierre bleue qu’elle détient. Désireux de lever le voile sur l’identité de la jeune fille, Jean est fin prêt à l’accompagner en Afrique, sa terre natale. Toutefois, un nouveau coup du destin les propulse au cœur d’un terrible conflit maritime opposant la faction du capitaine Nemo, commandant du Nautilus, aux Néo-Atlantes menés par le maléfique Gargoyle souhaitant asseoir sa domination sur le monde. Entre vengeance personnelle et renaissance d’une civilisation disparue, Nadia entreprend un voyage initiatique à la découverte de ses origines…