1000 ans dans le futur, les humains et les Asubots sont près de l'anéantissement total à cause d'un étrange phénomène appelé le Virus de la Destruction. Goku, un puissant Asubot de première génération et Sanzo, un jeune homme ayant été endormi il y a 1000 ans, se regroupent avec leurs camarades pour accomplir la prophétie et arrêter le Professeur D avant qu'il ne détruise la Terre.