An 196 de l'ère After Colony, la guerre est désormais finie. La paix règne enfin sur la sphère terrestre et les colonies. Les pilotes de Gundam tentent de reconstruire leur vie dans cette nouvelle ère de paix. Ils n'ont désormais plus besoin de leurs armes de guerre et ont envoyé leurs Gundams vers le soleil pour les détruire. Jusqu'au jour où Réléna Darlian, devenue un haut dirigeant du gouvernement, est kidnappée par une colonie avide de domination absolue. Les pilotes de Gundam et leur alliés se retrouvent alors une nouvelle fois au coeur de l'action. La valse sans fin reprend…

Le film est un condensé des 3 OAV diffusés en 1997 : Mobile Suit Gundam Wing - Endless Waltz