En l'an 0079 du Calendrier Universel, la guerre fait rage entre la Fédération Terrienne et les forces de Zeon. Pilote et officier de la Fédération, Shiro Amada dirige le 8e bataillon de mobile suit, qui prend part à des guerillas contre Zeon sur Terre, en Asie du Sud. Dans le camp opposé se trouve Aina Sahalin, pilote de Zeon que Shiro a eu l'occasion d'affronter, mais aussi de connaître, lors de déboires dans l'espace. Attirés l'un envers l'autre, les voilà maintenant ennemis.