La guerre qui a déchiré la Terre et les PLANT pendant un an et demi s’est achevée après la bataille décisive de Jakin Due. Un traité de paix fut signé et le monde semblait enfin avoir retrouvé le chemin de la paix. Néanmoins, les tensions sont toujours palpables, que ce soit chez les Naturels ou chez les Coordinateurs. Ère cosmique 73, Shinn est un soldat de ZAFT et pilote de Mobile Suit en provenance d’Orb. Alors qu’il a perdu sa famille sous ses yeux lors du précédent conflit, il devra surmonter les horreurs d’une nouvelle guerre encore plus atroce…