En l'an 73 de l'Ere Cosmique, la chute des débris de la colonie Junius-7 par une bande de terroristes partisans de Patrick Zala à ranimer les tensions entre la Terre et les Coordinateurs. La série suit un petit groupe de trois pilotes d'élites de Phantom Pain, aux commandes de prototypes de Gundam. Loin de là, l'organisation DSSD, vouée à la recherche sur Mars, développe en secret une machine apte aux voyages spatiaux de très longue distance, le Stargazer. Mais l'idée semble être tombée dans l'oreille de Phantom Pain qui envoie son escadron attaquer la DSSD.