Douze ans se sont écoulés depuis la fin de la seconde guerre de Neo-Zeon (la rébellion de Char).
U.C. 0105 - Le gouvernement corrompu de la Fédération Terrienne a non seulement négligé la pollution grandissante de la planète mais également instauré une véritable chasse à l'homme exilant les civils indésirables dans les colonies spatiales. Le Mouvement Anti-Fédération Terrienne "Mafty" fait acte de résistance et assassine de hauts dignitaires du gouvernement de la Fédération. Son leader se nomme "Mafty Navue Erin", mais sa réelle identité est "Hathaway", le fils de Bright Noa, un capitaine des Forces de la Fédération ayant participé à la Guerre d'Un An. 
Hathaway tente de se frayer un chemin en tant que guerrier défendant les idéaux et la volonté propres à Amuro Ray et Char Aznable. Cependant, son destin basculera à jamais lorsqu'il fera la rencontre du capitaine des Forces de la Fédération, Kenneth Sleg, et d'une mystérieuse beauté nommée Gigi Andalucia.